Me Instititin udhëheq bordi Drejtues i cili përbëhet nga katër anëtarë me mandat pesë vjeçarë.

Bordi drejtues pregadit dhe propozon programin vjetorë për punë dhe zhvillim dhe planin vjetorë financiar të Institutit, pregadit llogaritë vjetore dhe raportin vjetorë për punën e Institutit, propozon tarifen e anëtarsimeve, propozon tarifë për lëshimin e licencave për punë, propozon tarifën për dhënien e provimit për të verifikuar njohuritë e kontabilistit respektivisht kontabilistit të autorizuar, propozon tarifën  e kompenzimit për marrjen e licencave për kontabilist të autorizuar pa dhënien e provimit, propozon tarifën për dhënien e provimit për pranimin e kualifikimit profesional të fituar jashtë shtetit në pajtim me nenin 16 të këtij ligji.

Ky organ gjithashtu vendos për regjistrimin dhe fshirjen e anëtarëve në regjistrat e Institutit, propozon programin vjetor të zhvillimit të vazhdueshëm profesional, propozon programin vjetor për kontrollimin e  kryerjes së detyrave kontabël,tregëtarëve individual-kontabilistëve, tregëtarëve individual-kontabilistëve  të autorizuar, shoqatave për kryerjen e shërbimeve kontabiliste, propozon programin për verifikimin e njohurive të kontabilistit respektivisht kontabilistit të autorizuar,propozon programin për miratimin e kualifikimit si kontabilist  respektivisht kontabilistit me  autorizim të marur jashtë shtetit.

Bordi Drejtues kryesohet nga Kryetari i Bordit Drejtues . Bordi Drejtues, për veprimtarinë e tij, paraqet një herë në vit raport vjetor në Bordin Mbikëqyrës.

Presidenti I Institutit njëkohësisht është edhe kryetar i bordit. Kryetari e përfaqëson Institutit,kujdeset që Instituti të punojë në pajtim me ligjin ,i krahason vendimet e Kuvendit të Institutit,I miraton vendimet e Kuvendit të Institutit, nënshkruan urdhërpagesat nga llogaria e Institutit, vendos mbi ankesat pas shqyrtimit të masave në procedurë disiplinore, ekzekuton vendimin e marrë në procedurë disiplinore .

Anëtarët e Bordit Drejtues:

Lence Papazovska

Tihomir Mourdeski

Tony Dimitrovski

Orhan Ramadani

Jovan Zlatevski