Bordi Mbikëqyrës përbëhet nga një kryetar  dhe katër anëtarë me mandat trevjeçar. Anëtarët e Bordit Mbikëqyrës nuk mund të jenë anëtarë të organeve dhe komisioneve të tjera të Institutit. Bordi mbikëqyrës sjell vendime me votim publik dhe me shumicën e votave të anëtarëve të pranishëm.

Kompetencat e Bordit Mbikëqyrës:

- kontrollë të veprimtarisë materiale dhe financiare të Institutit,

- përzgjedh Presidentin dhe anëtarët e Bordit Drejtues sipas  mendimit paraprak pozitiv nga Ministri i Financave,

- shqyrton programin vjetor për punë dhe zhvillim dhe planin vjetor financiar të Institutit dhe jep mendim për të njëjtën në Kuvend,

- shqyrton llogarinë vjetore dhe raportin vjetor për punën e Institutit dhe jep mendimin për kuvendin,

- miraton rregulloren e punës së bordit drejtues ,

- shqyrton raportet mbi veprimtarinë e bordit drejtues,

- kryen kontroll mbi punën e Institutit në përputhje me Ligjin, Statutin dhe aktet e tjera të Institutit,

- propozon masa që duhent të ndërmiren për të eliminuar parregullsitë dhe paligjshmëritë në punën e Institutit,

- të dorëzojë një raport për punën e tij në Kuvendin e Institutit dhe Ministrin e Financave për ti informuar,

- në rast të përzgjedhjes së Presidentit dhe anëtarëve të Bordit Drejtues , Bordi Mbikëqyrës, sa Brenda 15 ditëve nga dita e përzgjedhjes , zgjedh një   president   të ri dhe anëtarë të rinj të Bordit Drejtues.

Bordi Mbikëqyrës:

Saso Radenkoviç

Blagoja Grozdanov

Jane Poposki

Arif Asipi Ramadani

Orce Naumovski